Die Gründung der staatlich anerkannten Förderschule „Janusz Korczak“ erfolgte 1990/1991. Ihr Name geht auf einen 1878 in Warschau geborenen Reformpädagogen und Kinderarzt zurück. Die Schule wurde in Form eines Sternes und vollständig barrierefrei angelegt. Im Zentrum befindet sich die Aula der Schule, von der die Unterrichts- und Funktionsräume abgehen. Diese Bauweise bietet den Schülerinnen und Schülern die Möglichkeit, aktiv an der Gestaltung ihres Lernumfeldes mitzuwirken. Am Standort Höngeda lernen Kinder in den Klassenstufen 1 bis 4. Einen großen Stellenwert nehmen Musik, Kunst und Bewegung ein. 1997 wurde die Schule in die freie Trägerschaft der Diakonie Doppelpunkt e.V. übernommen. 

Aemilienhausen ist etwa 1,5 km nordwestlich von Höngeda in Richtung Mühlhausen am Felchtaer Bach gelegen. Hier entstand wohl wegen des heilkräftigen, schwefelhaltigen Wassers im 14. Jahrhundert ein Hospital der Stadt, eine spezielle Einrichtung für  Aussätzige. Hier fanden Menschen mit ansteckenden Krankheiten, wie z. B. Lepra, eine Unterkunft. Einer Sage nach soll eine Jungfrau Aemilie aus der angesehenen Familie der Kämmerer zu Mühlhausen das Hospital gestiftet haben. Der zweistöckige Bau mit Wirtschaftsgebäuden und Obst- und Gemüsegärten wurde 1833 aufgegeben und 1837 verkauft. Schon vor der Gründung des Siechenhauses bestand in dieser Gegend ein Dorf, das 897 urkundlich als „Emelinhusin“ erwähnt wird. Gegenüber dem Hospital-Gelände entstand die erste Höngedaer Dampfziegelei, die im Jahr 1897 an den jetzigen Standort an den Weg nach Seebach verlegt wurde. Auf dem Betriebsgelände entstand 1919 die Kleingartenanlage Aemilienhausen. Sie musste Anfang der 70erJahre der großanlegten Mülldeponie weichen. Die endgültige Stilllegung der Deponie Aemilienhausen erfolgte 2011. 

An der Landstraße nach Höngeda war längs des Felchtaer Baches eine sehr alte Niederlassung, Aemilienhausen, auch als Emilienhausen, Emmenhusen oder Immelnhausen, bezeichnet. 897 wird der Ort als Emilinhusin genannt. Abgeleitet vom Namen Immela, Imma oder Emma, wird dieses Reichslehen von einem Grafen Kunrad gegen andere Güter an das Kloster Fulda abgetreten. 1315 ist der Ort wohl schon nicht mehr bewohnt und dem Brückenkloster wird gestattet, die verlassene Kirche abzutragen. Die Gemarkung des Ortes zog sich zu beiden Seiten der Chaussee bis in deren Norden „das kleine Feld“ und die „Aemilienhäuser Weinberge“ im Stadtbezirk liegen, erstreckt sich aber auch auf dessen rechter Seite in dem Gemeindebezirk Höngeda hinein. (Quelle Winzingerrode-Knorr)

Das Bestehen des Siechenhofes Aemilienhausen wird in einer Urkunde vom 09. März 1343 durch das Brückenkloster bestätigt. Ein Mühlhäuser Bürger schenkt einen Schilling „den sychen zu Ymelhusen“. 

Die Gründung des Siechenhofes 1345 wird laut Sage etwas anders dargestellt. „In diesem Jahr ist der Siechenhof Emilia, welchen man Emelhusen nennet gestiftet und gebauet worden von einer adeligen Jungfer, die das Siechtum an einem Backen gehabt und daselbst, da sie sich aus dem Brunnen gewaschen, der da entspringt, gesund und von ihrem Aussatz rein geworden. Da hat diese Jungfrau Gott zu Ehren und zur Dankbarkeit wie auch ihrem armen Nächsten zum Besten dieses Haus und Einkommen gestiftet und geordnet, daß dergleichen Pesthafte und mit dem Siechtum beschwerte Leute sollten unterhalten werden.“ Das Siechenhaus, ein zweistöckiger Bau mit 11 Kammern, befand sich nordwestlich vom Dorfe Höngeda, am Felchtaer Bach, kurz bevor dieser durch die sich scharf nach Südost wendende Chaussee von Mühlhausen nach Höngeda überschritten und unterhalb dieser Überbrückung der „Himbach“ genannt wird.

Der in der Flur entspringenden Quelle wurde eine besondere Heilkraft bezüglich des Aussatzes zugeschrieben. Nach dem Chronisten Altenburg aus Mühlhausen war die Quelle schwefelhaltig.

Die Kammern wurden von je zwei mit Aussatz befallenen Personen bewohnt. „Aussätzige“, oder „Leprosen“, so wurden Menschen bezeichnet, die an Lepra erkrankt waren. Aber auch „Sieche“ mit anderen Krankheiten waren in Aemilienhausen untergebracht.

Im Jahr 1597 wurden allein 34 Personen im Siechenhof erwähnt, davon 23 Kranke. Als Personal waren vorhanden: Zwei Hausmeister, eine Hausmeisterin, zwei Schaubrüder, drei Schauschwestern, ein Knecht, eine Magd und ein Theilemann – der Verwalter. Die Aufsicht über das Hospital führte der Hausmeister mit seiner Frau und der Magd.

Auch ein „Klockmann“ war vertreten, der für die „armen Belasteten“ mit dem Klingebeutel Almosen in der Stadt einholte.

Noch im 18. Jahrhundert waren im Hospital 16 „Aussätzige“. Aus den Schriften des 16. und 17. Jahrhunderts ist bekannt, dass die nach Aemilienhausen gebrachten „Aussätzigen“ von Ärzten die der Rat der Stadt Mühlhausen eingesetzt hatte, untersucht wurden und sie ein Gutachten über die zu „Begutachteten“ abgeben mussten. Es fand eine sogenannte „Schau“- „Siechenschau“ der Erkrankten statt. Sie mussten in ihrem Gutachten darlegen, ob die Kranken wirklich „Aussätzige“ sind und ob sie geheilt werden können oder nicht. Die „Aussätzigen“ bezeichnen sich als Brüder und Schwestern. Regelmäßig wurden Sitzungen abgehalten und der Verwalter prüfte die Einkünfte. Die Erkrankten durften nicht in die Stadt gehen und wurden durch den Knecht mit dem Nötigsten versorgt.

Aus dem Jahr 1728 ist ein ausführlicher Bericht über das Inventar des Siechenhofes vorhanden. Darin ist zu ersehen, dass die Einrichtung recht karg war. Alles Vorhandene wird aufgezählt. Auch der Zustand der Kirche wird beschrieben. Vieles war alt und “schadhaft“. 

1762 wurde die letzte Frau aus Mühlhausen aufgenommen und der Siechenhof ab dieser Zeit als Hospital für alte Leute genutzt. An den Siechenhof schlossen sich die Wirtschaftsgebäude mit drei fruchtbaren Obst- und Gemüsegärten an. Das Hospital hatte viele Ländereien, Wiesen, besaß Holz und Zins. Was nicht bewirtschaftet werden konnte, verpachtete man an die Stadt Mühlhausen. Die Seelenpflege selbst, gehörte am Anfang der Einrichtung zur Aufgabe des Höngedaer Pfarrers.

1558 übernimmt der evangelische Pfarrer in Görmar den Kirchendienst. Später wird die in dem Hospital befindliche Kapelle ein Filial von Felchta.

Infolge Baufälligkeit wurde das Hospital 1833 aufgehoben und die letzten vier Bewohner des Siechenhofes wurden in das Hospital nach Mühlhausen verlegt.

1837 wurde das gesamte Anwesen, einschließlich der Ländereien an den Fleischermeister Vockrodt aus Mühlhausen in der Felchtaer Straße wohnend, für 2.500 Taler, verkauft.

An die Stelle des Hospitals, das mit dem Hospital St. Margarethen in Mühlhausen zusammengelegt wurde, trat eine Ziegelei, welche hart am Felchtaer Bache lag und die Mitte des 19. Jahrhunderts abgebrochen wurde.

Im Juli 1919 wird in der Aemilienhäuser Flur eine Gartenanlage errichtet.

1969 kann das 50jährige Jubiläum mit 49 Gartenfreunden gefeiert werden.

Später wird die Gartenanlage aufgelöst und beräumt und eine Mülldeponie Aemilienhausen angelegt. Diese wird Ende des Jahres 1998 geschlossen. Die endgültige Stilllegung der Deponie Aemilienhausen erfolgte 2011. Die Entsorgung der gemischten Siedlungsabfälle und Sperrmüll wird seitdem direkt durch den AWB (Abfallwirtschaftsbetrieb Unstrut-Hainich-Kreis) durchgeführt. Abfälle anderer Unternehmen oder Privatpersonen können an die Umladestation Aemilienhausen ausgeliefert werden.

Neben der ehemaligen Mülldeponie Aemilienhausen entstehen seit Ende September 2024 im 2. Erweiterungsabschnitt „Auf dem Schadeberg“ knapp 9 Hektar neue Industrie- und Gewerbefläche.