Thomas Müntzer war eine prägende Persönlichkeit der Mühlhäuser Stadtgeschichte – ein glühender frühreformatorischer Seelsorger und Theologe, der sich in den großen Bewegungen seiner Zeit engagierte. Seine Predigten zogen viele Menschen an, er wurde aber auch wiederholt vertrieben und blieb umstritten bis in unsere Zeit.

Um 1490 in Stolberg am Harz geboren, studierte er in Leipzig und Frankfurt/Oder und vielleicht auch in Wittenberg. Nach der Priesterweihe stand er in mehreren Orten in Mitteldeutschland in Kirchen- und Schuldienst, seit 1520 in Zwickau, Ostern 1523 wurde er im kursächsischen Allstedt als Prediger angenommen. Als die sächsischen Fürsten seine Tätigkeit beschränkten, verließ er im August 1524 Allstedt und hielt sich bis Oktober in der Reichsstadt Mühlhausen auf. Hier ausgewiesen, reiste er über Nürnberg und Basel in den Süden des Reiches, wo regionale Bauernunruhen begonnen hatten. Im Februar 1525 nach Mühlhausen zurückgekehrt, sah er in den aufständischen Bauern und Bürgern die Werkzeuge Gottes, die eine „Veränderung der Welt“ herbeiführen sollten. Mit einem Mühlhäuser Aufgebot zog Müntzer nach Frankenhausen. Dort unterlagen die Aufständischen am 15. Mai 1525 den Fürstenheeren. Müntzer wurde gefangen genommen, in Heldrungen unter der Folter verhört und am 27. Mai bei Mühlhausen hingerichtet.

Müntzer verstand sich als von Gott gesandter Prophet und die Reformation und den Bauernkrieg als „Zeit der Ernte“, in der sich apokalyptische Erwartungen erfüllten. Die Menschen in die „Ordnung Gottes“ zurückzuführen, von der sie abgefallen wären, schloss eine radikale Umgestaltung der Gesellschaft ein. Auf lange Sicht bedienten sich kirchen- und gesellschaftskritische Bewegungen seiner Argumente. Nach Müntzer sind in Mühlhausen eine Straße und eine Schule benannt. Eine Gedenktafel an seinem Wohnhaus Bei der Marienkirche 9, zwei Denkmale sowie die "Thomas-Müntzer-Gesellschaft e. V." erinnern an sein Wirken in unserer Stadt.

Pfeiffer war der wohl wichtigste Akteur für die erste Phase der Reformation in Mühlhausen. In Mühlhausen geboren und aufgewachsen, trat er als Mönch in das Zisterzienserkloster Reifenstein ein. Von dort floh Pfeiffer 1521 nach Kontakt mit reformatorischem Gedankengut. Seine Predigten in der Vaterstadt Mühlhausen forcierten die innerstädtischen Auseinandersetzungen. Nach der Ausweisung kehrte er bald zurück und seit der Ankunft Müntzers im August 1524 wirkte er an dessen Seite. Nach erneuter Ausweisung versuchte er vergeblich, seine reformatorischen Gedanken in Nürnberg zum Druck zu bringen. Im Frühjahr 1525 wurde Pfeiffer neben Müntzer zum Führer der Aufstandsbewegung in Mühlhausen und Thüringen. Nach seiner Gefangennahme wurde er mit Müntzer hingerichtet.
 

Ein Denkmal und eine nach ihm benannte Straße erinnern an ihn in Mühlhausen.

Nach seinem Orgelvorspiel am 24. April 1707 wurde Johann Sebastian Bach am 15. Juni zum Organisten der Blasiuskirche bestellt. Von Juni 1707 bis Juni 1708 war die Untermarktskirche sein Dienstsitz. Als neuer Organist der Gemeinde Divi Blasii umfassten seine Aufgaben die musikalische Gestaltung der Gottesdienste in der Hauptkirche und den drei Nebenkirchen sowie die Instandhaltung der Orgelwerke. Mit der damaligen Orgel zeigte sich Bach unzufrieden und legte dem Stadtrat im Februar 1708 einen umfassenden Forderungskatalog zum Umbau des Instruments vor. Die heutige Orgel in Divi Blasii wurde 1959 von dem Orgelbauer Schuke nach entsprechendem Rat von Albert Schweitzer (1875-1965) nach Bachs Orgeldisposition von 1708 erbaut.

In Mühlhausen schuf Johann Sebastian Bach Kompositionen wie die Kantaten "Aus der Tiefe rufe ich, Herr zu Dir" (BWV 131) und die sog. Ratswechselkantate "Gott ist mein König" (BWV 71), die neben anderen Werken seine Mühlhäuser Zeit als die der "frühen Meisterschaft" charakterisieren. Die Ratswechselkantate gilt als das erste zu Bachs Lebzeiten von ihm gedruckte Werk, das bis heute erhalten geblieben ist. Bereits am 25. Juni 1708 reichte Bach sein Entlassungsgesuch ein, wofür eine Vielzahl von Gründen verantwortlich war. Auch danach blieb er der Stadt Mühlhausen lebenslang verbunden.

Nach ihm ist ein Platz an der Divi-Blasii-Kirche benannt, eine Gedenktafel am Westportal dieser Kirche erinnert an sein Wirken in Mühlhausen. Anlässlich des 84. Bachfestes der Neuen Bachgesellschaft wurde 2009 vor der Divi-Blasii-Kirche das vom Hallenser Künstler Klaus Friedrich Messerschmidt geschaffene Bachdenkmal feierlich eingeweiht. Seit 2020 machen drei Bach-Stationen im Stadtraum die Zeit des Musikers in Mühlhausen erlebbar.

Johann August Röbling ist vor allem für den Entwurf der Brooklyn Bridge, New York, bekannt. Geboren und aufgewachsen in Mühlhausen, studierte er in Berlin am Königlich Preußischen Polytechnikum und an der Bauakademie. Mit zunehmender Begeisterung konstruierte er vor allem im Westfälischen erste Hängebrücken. Gemeinsam mit seinem Bruder Karl Friedrich und weiteren 40 Mühlhäuserinnen und Mühlhäusern wanderte er im Jahr 1831 nach Nordamerika aus und gründete in Pennsylvania die Siedlung Germania, später umbenannt in Saxonburg.

Mit großem Engagement gründete er später in Trenton, New Jersey, die Röblingwerke, die Stahlseile produzierten. Zugleich begann er seine Planungen für den Bau einer Brücke zwischen Manhattan und Brooklyn. Die Vollendung seines wohl bekanntesten Bauwerkes erlebte er selbst nicht mehr, verstarb Röbling doch nach einem Unfall während der Vermessungsarbeiten im Jahr 1869. Sein ehrgeiziges Projekt wurde von seinem Sohn, Washington A., und dessen Ehefrau, Emily geb. Warren, vorangetrieben. Seit früher Zeit lebten die Erinnerungen an Johann August Röbling in Mühlhausen und in seiner Wahlheimat Amerika fort. Diplomatische Verbindungen zwischen den beiden Orten gab es nicht nur zur Eröffnung der Brooklyn Bridge im Jahre 1883, sondern diese bestanden über viele Jahre, bis sie 2008 in eine Städtepartnerschaft zwischen Saxonburg und Mühlhausen mündeten. In Mühlhausen erinnern seit 1883 vor allem die Röblingstraße an die Brückenbauerfamilie, dazu Denkmale und Ereignisse wie der Röbling-Lauf seit 2002.